Параллельно у него в настройках нашлась галочка "не показывать в доке" (ради чего я ставил было Dockless, с которым было не очень хорошо - программы под ним не только не показываются в доке, но и теряют меню - пишут, что это системная фича). А еще там нашелся пунктик iPod. В котором айфона не было (а вот на писи, где через winamp загружается ipod nano, в опциях last.fm айпод есть).
В общем, при попытке понять, что же он не скроблит, обнаружился альтернативный клиент под мак - http://www.last.fm/group/iScrobbler/ - попробую его.